Pablo Aguilar ha sido internacional con todas las categorías inferiores de la Selección Española. En junio de 2010, fue incluido en la lista de 24 jugadores facilitada por la Federación Española de Baloncesto a la FIBA, para integrar la Selección de baloncesto de España en el Campeonato Mundial de Baloncesto de 2010.
En junio de 2012, Sergio Scariolo, seleccionador nacional de baloncesto de España, le incluye en la lista de los jugadores que formará parte del equipo 'B' para los Juegos Olímpicos de Londres en el verano de 2012.
Selección categorías inferiores
Medalla de Bronce en el Europeo Sub-16 (2005), en León.
Medalla de Bronce en el Europeo Sub-18 (2006), en Amaliada, Grecia.
Medalla de Bronce en el Europeo Sub-20 (2008), en Riga, Letonia.
Medalla de Bronce en el Europeo Sub-20 (2009), en Rodas, Grecia.
Selección absoluta
Medalla de Bronce en el Eurobasket 2013, en Eslovenia.
Juan Antonio Orenga, seleccionador español de baloncesto, facilitó el miércoles día 11 de junio de 2013 la lista de los doce jugadores seleccionados, en donde destaca la presencia de Pablo Aguilar para el Eurobasket 2013, en Eslovenia, entre el 4 y el 22 de septiembre 2013.
El hombre de bronceSelección categorías inferiores
Medalla de Bronce en el Europeo Sub-16 (2005), en León. Medalla de Bronce en el Europeo Sub-18 (2006), en Amaliada, Grecia. Medalla de Bronce en el Europeo Sub-20 (2008), en Riga, Letonia. Medalla de Bronce en el Europeo Sub-20 (2009), en Rodas, Grecia. Selección absoluta
Medalla de Bronce en el Eurobasket 2013, en Eslovenia.